Le nouveau conseil communal qui supervisera les 12'000 habitants de Val-de-Travers devra dans un premier temps gérer une importante charge de travail liée à la fusion, tandis qu’à cette même période, les relations avec l’Etat de Neuchâtel s’intensifieront. Ainsi, les auteurs du projet ont-ils, dans leur majorité, souhaité que l’exécutif soit employé à 100% au service de la nouvelle commune unique.
Cependant, il s’agit là encore d’un point de discorde entre les différents concepteurs du projet (et donc représentants des onze communes). Si un statut professionnel de l’exécutif a été préféré à un statut de milice dans un premier temps, le rapport du comité de fusion précise que le peuple pourra, dès la fusion, demander ou pas une modification de ce statut par voie de vote.
Rapport du comité de fusion, janvier 2007 (p.40) :
« Certaines communes ont cependant déjà fait part de leurs inquiétudes financières liées au professionnalisme du Conseil communal de Val-de-Travers. Une fois la fusion des onze communes achevée, cette question ressurgira inévitablement devant les autorités élues de Val-de-Travers. Le processus démocratique courant pourra alors déployer ses effets, permettant aux citoyennes et aux citoyens de se déterminer par voie de vote s’ils le souhaitent. »
Le comité de fusion estime le surcoût d’une telle professionnalisation du conseil exécutif à presque 240'000 francs :
« Il convient de préciser que le professionnalisme retenu pour l’entrée en fonction des cinq conseillers communaux n’induit de loin pas un coût équivalent à cinq salaires supplémentaires. En effet, les indemnités et jetons de présence versés actuellement aux exécutifs des onze communes se montent à 482'442.80 francs (comptes 2005, sans les charges sociales). Au final, c’est avec un surcoût évalué à 239'700 francs qu’il faut compter en matière de rémunération des élus. »